Die intensive Pflege der Werke Johann Sebastian Bachs, verbunden mit der Namensgebung des Chores, erfolgte ab 1945 unter dem damaligen Stadtkantor Gustav Sasse. Das erste Konzert mit Kantaten von Johann Sebastian Bach fand am 27. Oktober 1945 in der Dreifaltigkeitskirche statt.
Unter der Leitung von Manfred Brandstetter seit 1967, wurde das Repertoire um bekannte und weniger bekannte Werke aus Romantik und Klassischer Moderne erweitert.
1986 übernahm Jörg Straube die Leitung des Chores. Er setzte die Tradition der oratorischen Konzerte mit Werken von Monteverdi, Bach, Mozart, Mendelssohn und Verdi fort, unternahm aber auch immer wieder das Wagnis, dem Publikum weniger bekannte Werke vorzustellen (unter anderem von Max Reger, Frank Martin oder Arthur Honegger). Gemeinsam mit anderen hannoverschen Chören wurde der Bachchor 2010 unter seiner Leitung mit dem Echo Klassik ausgezeichnet.
Im November 2024 hat für den Bachchor eine neue Ära begonnen: Mit dem Eintritt Jörg Straubes nach 38 Jahren in den Ruhestand tritt Christian Rohrbach die Leitung der Chöre in der Marktkirche an.